1. 10x  Genomics空間轉(zhuǎn)錄組用于文庫構(gòu)建的每張載玻片上有四個捕獲區(qū)域，每個捕獲區(qū)域的大小為6.5x6.5mm，包含5000個被條形碼標記的點（barcoded spots），每個點的直徑為55 μm，點和點之間中心的距離為100 μm，并且每個點都有一個barcode序列。10X Visium空間轉(zhuǎn)錄組的實驗主要分為兩部分：組織學板塊和組學板塊。組織學板塊包括樣品的包埋、切片、固定、染色及成像，記錄切片的形態(tài)學信息；組學板塊包括cDNA的合成、擴增、接頭連接和測序，記錄切片的轉(zhuǎn)錄本信息和空間位置信息 。正是由于空間轉(zhuǎn)錄組可以從多維度解析生物學過程的特點得到蓬勃發(fā)展。青海運用空間轉(zhuǎn)錄組

空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)包含兩種芯片，分別為組織優(yōu)化芯片（Tissue Optimization）和基因表達芯片（Library Preparation）。組織優(yōu)化芯片用來摸索組織透化的比較好時間，基因表達芯片用來進行正式樣本的空間轉(zhuǎn)錄組實驗。其中基因表達芯片上有 4 個捕獲區(qū)域，每個區(qū)域大小為 6.5mm×6.5mm，每個捕獲區(qū)域中有 5000 個帶有特異地址序列的探針簇，稱為 barcoded spots，每個 spot 直徑為 55um，包含數(shù)百萬個用于捕獲的 oligo 探針序列，相鄰兩個 spot 的中心距離為 100um。探針序列的結(jié)構(gòu)為：測序引物結(jié)合序列，16nt 的位置序列，12nt 的 UMI 序列以及 30nt 的 oligo-dT 序列。吉林空間轉(zhuǎn)錄組多少錢空間轉(zhuǎn)錄組細胞通訊分析方法簡介及實操。

10x Genomics空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)的準確性高嗎？下圖是一個將10x Genomics空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)應用于小鼠海馬體研究的案例。A圖為腦組織切片的HE染色結(jié)果，從10x Genomics空間轉(zhuǎn)錄組分析結(jié)果中，可以清晰看到Tmsb4x（B圖）和Selenow（C圖）在海馬體區(qū)域高表達，和已知的研究結(jié)果一致性較高。開展10x Genomics空間轉(zhuǎn)錄組需要做哪些準備？空間轉(zhuǎn)錄組是一項十分前沿的技術(shù)，涉及到很多細節(jié)方面的準備工作，例如組織類型的選擇、前期預實驗的設計、病理區(qū)域的確認等一系列內(nèi)容。而且實驗中存在很多不確定性因素，處理不慎容易導致整個項目失敗。

1. 空間轉(zhuǎn)錄組實驗步驟A。切片制備和優(yōu)化：取新鮮組織、冷凍、切片，并進行HE染色成像，優(yōu)化確定切片是否覆蓋靶向區(qū)域?？臻g轉(zhuǎn)錄組實驗步驟B。切片固定和透化：將組織切片放置在含有與RNA結(jié)合捕獲探針的載玻片上，并進行固定和透化，使細胞中的 mRNA 得到釋放，并結(jié)合到相應的捕獲探針上，從而獲取基因表達信息?？臻g轉(zhuǎn)錄組實驗步驟c。逆轉(zhuǎn)和文庫構(gòu)建：以捕獲的 RNA 為模板，進行 cDNA 合成，和測序文庫制備?？臻g轉(zhuǎn)錄組實驗步驟d。高通量上機測序：對制備好的測序文庫，進行二代高通量短讀長測序。空間轉(zhuǎn)錄組實驗步驟e。數(shù)據(jù)可視化分析：結(jié)合HE結(jié)果，確定哪些基因有表達，表達量高低，以及這些基因的空間位置信息?？臻g轉(zhuǎn)錄組樣本的組織切片的細胞中會釋放出mRNA，遷移到每個spot的mRNA會被標記上相應的barcode序列。

1. 空間轉(zhuǎn)錄組是一種用于從空間層面上解析RNA-seq數(shù)據(jù)的技術(shù)，從而解析單個組織切片中的所有mRNA?？臻g轉(zhuǎn)錄組的條形碼逆轉(zhuǎn)錄oligo(dT)引物在顯微鏡載玻片表面的有序附著，空間轉(zhuǎn)錄組使得在mRNA樣品處理和后續(xù)測序過程中位置信息的編碼和獲取成為可能。單細胞RNA測序或組織樣本RNA測序，均無法為研究人員提供精確的空間信息。通過空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)可獲取組織中具體的位置的轉(zhuǎn)錄信息，為研究和診斷提供有效數(shù)據(jù)支撐。10x Genomics空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)可以應用于免疫、發(fā)育、神經(jīng)和病理等研究方向。通過培訓系統(tǒng)掌握空間轉(zhuǎn)錄組測序原理和方案設計思路，助力科學研究。福建空間轉(zhuǎn)錄組做什么

除大腦以外的其他***的技術(shù)現(xiàn)代化，將為開發(fā)有用的空間轉(zhuǎn)錄組學地圖集提供廣闊的前景。青海運用空間轉(zhuǎn)錄組

空間基因表達技術(shù)能夠在保留空間背景信息的同時，多方位測量轉(zhuǎn)錄組譜。然而，現(xiàn)有的分析方法并沒有解決技術(shù)分辨率有限或有效利用空間信息的問題。來自美國的科研團隊開發(fā)了BayesSpace，這是一種完全貝葉斯統(tǒng)計方法，它使用來自空間鄰域的信息來增強空間轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)的分辨率并進行聚類分析。BayeSpace通過使用的Bioconductor SingleCellExperiment數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)將預處理數(shù)據(jù)作為輸入，無縫集成到空間轉(zhuǎn)錄組分析工作流中，輸出同樣存儲在SingleCellExperiment對象中，該對象可用于下游分析。歐易生物具有上百例空間轉(zhuǎn)錄組項目執(zhí)行經(jīng)驗，致力通過質(zhì)量的服務，助力各位科研工作者取得新的突破。青海運用空間轉(zhuǎn)錄組

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