轉(zhuǎn)錄本的空間位置信息可以通過(guò)在原位陣列上捕獲的組織切片中的轉(zhuǎn)錄本來(lái)獲取，目前已有多種技術(shù)策略被開(kāi)發(fā)報(bào)道， 如空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)（Spatial Transcriptomics，ST）和 Visium 技術(shù)，通過(guò)將包含空間位置信息的條形碼、UMI 標(biāo)簽、poly-dT 的探針固定在商用微陣列載玻片上，來(lái)捕獲包含 poly(A) 尾巴的轉(zhuǎn)錄本，并獲取全轉(zhuǎn)錄組水平的基因表達(dá)及位置信息。一些無(wú)需成像即可計(jì)算重建空間基因表達(dá)模式所需信息的技術(shù)也被開(kāi)發(fā)了出來(lái)，其中之一就是是 DNA 顯微技術(shù)，它記錄 cDNA 之間的接近度，該信息可用于重建轉(zhuǎn)錄本之間的相對(duì)位置。除大腦以外的其他***的技術(shù)現(xiàn)代化，將為開(kāi)發(fā)有用的空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)地圖集提供廣闊的前景。江西空間轉(zhuǎn)錄組
1. 空間轉(zhuǎn)錄組是一種用于從空間層面上解析RNA-seq數(shù)據(jù)的技術(shù)，從而解析單個(gè)組織切片中的所有mRNA。空間條形碼逆轉(zhuǎn)錄oligo(dT)引物在顯微鏡載玻片表面的有序附著，使得在mRNA樣品處理和后續(xù)測(cè)序過(guò)程中位置信息的編碼和獲取成為可能。單細(xì)胞RNA測(cè)序或組織樣本RNA測(cè)序，均無(wú)法為研究人員提供精確的空間信息。通過(guò)空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)可獲取組織中具體的位置的轉(zhuǎn)錄信息，為研究和診斷提供有效數(shù)據(jù)支撐。10x Genomics空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)可以應(yīng)用于免疫、發(fā)育、神經(jīng)和病理等研究方向。福建空間轉(zhuǎn)錄組領(lǐng)域空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)重點(diǎn)為特殊的載玻片。
空間轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析的是根據(jù)每個(gè)芯片上每個(gè) spot 的基因表達(dá)信息進(jìn)行聚類(lèi)，然后將 spot 根據(jù)坐標(biāo)位置序列放回到組織的圖像上，同時(shí)可以對(duì)每個(gè) gene 在組織上表達(dá)的空間位置進(jìn)行定位。獲得測(cè)序數(shù)據(jù)后，首先利用 Space Ranger 軟件可以自動(dòng)化的對(duì)圖像進(jìn)行處理、數(shù)據(jù)比對(duì)和 Barcode 處理。另外一個(gè)軟件 Loupe Cell Browser 是一個(gè)適用于 Windows 和 MacOS 的桌面應(yīng)用程序，它可以快速、輕松地可視化和分析10X Visium 數(shù)據(jù)。歐易生物具有上百例空間轉(zhuǎn)錄組項(xiàng)目執(zhí)行經(jīng)驗(yàn)，致力通過(guò)質(zhì)量的服務(wù)，助力各位科研工作者取得新的突破。
許多當(dāng)前時(shí)代空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)的基礎(chǔ)都是在自七十年代以來(lái)的幾十年間建立的。例如，于1976 年首先使用紫外線激光來(lái)切割組織。當(dāng)前流行的技術(shù)，例如空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)（ST）和 10X Visium 依靠這種微陣列技術(shù)，區(qū)別就在于是從放置在微陣列載玻片上的組織上而不是從溶液中來(lái)捕獲轉(zhuǎn)錄本信息。當(dāng)前時(shí)代的空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)大致分為五類(lèi)方向：激光顯微切割（LCM），單分子熒光原位雜交（smFISH），靶向原位測(cè)序（ISS），原位陣列捕獲和 其他非成像技術(shù)。結(jié)合空間轉(zhuǎn)錄組測(cè)序技術(shù)，作者進(jìn)一步確定和豐富了胚胎心臟基因表達(dá)的空間注釋信息。
10x Genomics 公司提供的 Visium 空間基因表達(dá)解決方案是目前***一個(gè)高通量空間轉(zhuǎn)錄組的商業(yè)化解決方案。該解決方案巧妙的將單細(xì)胞測(cè)序技術(shù)原理和組織切片染色結(jié)合在一起，從而研究空間分辨率下整個(gè)轉(zhuǎn)錄組 mRNA 的表達(dá)情況，同時(shí)在同一組織切片中獲得組織學(xué)相關(guān)信息。空間轉(zhuǎn)錄組相關(guān)的顯微解剖技術(shù)通常分為兩類(lèi)：機(jī)械和光學(xué)。前者包括 Tomo-seq 等，通過(guò)沿感興趣軸，利用冷凍切片機(jī)進(jìn)行組織切片，然后在每個(gè)切片上均進(jìn)行 RNA 測(cè)序。10x 提供的載玻片分為兩種：用于摸索組織比較好透化時(shí)間的組織優(yōu)化玻片和用于正式實(shí)驗(yàn)的基因表達(dá)玻片。10x Genomics公司宣布了新一代FFPE空間轉(zhuǎn)錄組商業(yè)化解決方案。海南歐易生物空間轉(zhuǎn)錄組報(bào)價(jià)
轉(zhuǎn)錄本的空間位置信息可以通過(guò)在原位陣列上捕獲的組織切片中的轉(zhuǎn)錄本來(lái)獲取，?如空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)。江西空間轉(zhuǎn)錄組
歐易生物高級(jí)技術(shù)支持陳老師首先給大家介紹了空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)的發(fā)展歷程、測(cè)序流程及原理。緊接著，歐易生物技術(shù)支持姚老師針對(duì)目前空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)發(fā)表的一系列高分文章進(jìn)行了方案設(shè)計(jì)的解析。姜老師給大家詳細(xì)介紹了空間轉(zhuǎn)錄組項(xiàng)目樣本準(zhǔn)備、切片、貼片等實(shí)驗(yàn)過(guò)程及注意事項(xiàng)，并帶領(lǐng)大家到實(shí)驗(yàn)室實(shí)地觀摩了整個(gè)實(shí)驗(yàn)過(guò)程，并就其中細(xì)節(jié)進(jìn)行了講解。董老師針對(duì)空間轉(zhuǎn)錄組10x Space Ranger的分析原理及結(jié)果進(jìn)行了詳細(xì)解析，并介紹了使用Seurat包進(jìn)行數(shù)據(jù)挖掘的標(biāo)準(zhǔn)分析流程。江西空間轉(zhuǎn)錄組
上海歐易生物醫(yī)學(xué)科技有限公司專(zhuān)注技術(shù)創(chuàng)新和產(chǎn)品研發(fā)，發(fā)展規(guī)模團(tuán)隊(duì)不斷壯大。公司目前擁有專(zhuān)業(yè)的技術(shù)員工，為員工提供廣闊的發(fā)展平臺(tái)與成長(zhǎng)空間，為客戶(hù)提供高質(zhì)的產(chǎn)品服務(wù)，深受員工與客戶(hù)好評(píng)。公司業(yè)務(wù)范圍主要包括：科研服務(wù)，科研檢測(cè)，學(xué)術(shù)研究，技術(shù)咨詢(xún)等。公司奉行顧客至上、質(zhì)量為本的經(jīng)營(yíng)宗旨，深受客戶(hù)好評(píng)。公司憑著雄厚的技術(shù)力量、飽滿的工作態(tài)度、扎實(shí)的工作作風(fēng)、良好的職業(yè)道德，樹(shù)立了良好的科研服務(wù)，科研檢測(cè)，學(xué)術(shù)研究，技術(shù)咨詢(xún)形象，贏得了社會(huì)各界的信任和認(rèn)可。