高通量空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)數(shù)據(jù)的處理和分析需要新穎的方法和工具支撐，尤其是在預(yù)處理、scRNA-seq 數(shù)據(jù)的空間重構(gòu)、基于微陣列數(shù)據(jù)的細(xì)胞類型去卷積、空間高變基因的識別、細(xì)胞間相互作用的推導(dǎo)等。scRNA-seq 技術(shù)的進(jìn)步啟發(fā)了利用高分辨率轉(zhuǎn)錄組定量分析與空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)數(shù)據(jù)的互補性質(zhì)的新方法。對于未進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組測序的 smFISH 和 ISS 數(shù)據(jù)，可通過 scRNA-seq 數(shù)據(jù)估算空間數(shù)據(jù)中未分析的基因的表達(dá)模式。此外，“空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)”這一術(shù)語的變體，也用于描述將轉(zhuǎn)錄本定位到細(xì)胞器的技術(shù)（例如 APEX-seq），盡管該技術(shù)沒有記錄任何空間坐標(biāo)。空間轉(zhuǎn)錄組的條形碼逆轉(zhuǎn)錄oligo(dT)引物在顯微鏡載玻片表面的有序附著。黑龍江歐易生物空間轉(zhuǎn)錄組做什么

當(dāng)前的技術(shù)主要有四種策略：1、基于組學(xué)實驗結(jié)合空間重建的計算策略。這種計算方法可以充分利用內(nèi)在基因表達(dá)模式或共表達(dá)的趨勢，從單個細(xì)胞的大量轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)中重構(gòu)細(xì)胞間的環(huán)境。然而，這些推論方法在某些情況下*呈現(xiàn)空間趨勢或特定組織的總體布局。2、激光切割與NGS測序結(jié)合的策略。基于LCM的轉(zhuǎn)錄組學(xué)或基因組學(xué)成功地獲得了單個細(xì)胞的空間轉(zhuǎn)錄組，盡管其通量很低，但是在可以標(biāo)記成千上萬個單個細(xì)胞位置的多路復(fù)用條形碼策略可行之前，將少量細(xì)胞的數(shù)據(jù)粗略地整合到構(gòu)成***的巨大背景中，可能具有一定價值。3、基于熒光物質(zhì)原位的轉(zhuǎn)錄組學(xué)?；趫D像的原位轉(zhuǎn)錄組學(xué)在很大程度上增加了可檢測區(qū)域，但也存在一些問題，例如幾種smFISH方法很難從包括信號干擾、轉(zhuǎn)錄本積累等復(fù)雜背景中提取單個細(xì)胞。4、基于寡核苷酸的空間條碼加上NGS測序。費用較高且無法在單個細(xì)胞中獲得轉(zhuǎn)錄組。四川歐易生物空間轉(zhuǎn)錄組領(lǐng)域轉(zhuǎn)錄本的空間位置信息可以通過在原位陣列上捕獲的組織切片中的轉(zhuǎn)錄本來獲取，?如空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)。

和單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組一樣，空間轉(zhuǎn)錄組也可以進(jìn)行細(xì)胞間通訊分析，區(qū)別在于空間位置信息可以同時用于識別潛在的細(xì)胞間相互作用。通常通過了解配體受體（LR）對并測試 LR 對是否更有可能在鄰近細(xì)胞或 spot 中表達(dá)來完成。還有很多其他類型的分析可用于空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)數(shù)據(jù)，包括基因模式的識別，空間區(qū)域的轉(zhuǎn)錄組定義， 基因間的相互作用推斷，轉(zhuǎn)錄本的亞細(xì)胞定位以及基于H＆E圖像的基因表達(dá)估算等。1. 歐易生物具有上百例空間轉(zhuǎn)錄組項目執(zhí)行經(jīng)驗，致力通過質(zhì)量的服務(wù)，助力各位科研工作者取得新的突破。

Visium空間轉(zhuǎn)錄組能夠做何種組織類型以及推薦切片厚度是什么？10X Genomics測試過很多組織類型，絕大多數(shù)都可以用于空間轉(zhuǎn)錄組的分析。下圖是他們官網(wǎng)上測試過的組織類型的列表，測試過的組織都可以運用在空間轉(zhuǎn)錄組的分析上面。但建議用戶用基因表達(dá)玻片做正式實驗前，務(wù)必用組織優(yōu)化的玻片測試一下，看組織能否用于空間轉(zhuǎn)錄組的實驗，同時也找到比較好的組織通透時間。切片厚度基本上以10μm為主，但也有少量組織例外。歐易生物具有上百例空間轉(zhuǎn)錄組項目執(zhí)行經(jīng)驗，致力通過質(zhì)量的服務(wù)，助力各位科研工作者取得新的突破。盡管前傳時代的空間技術(shù)被迅速棄用，但其思想和方法是當(dāng)今時代空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)發(fā)展的基礎(chǔ)。

空間轉(zhuǎn)錄組是在組織原位檢測基因表達(dá)的一種技術(shù)，與bulk RNA-seq或單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測序相比，空間轉(zhuǎn)錄組避免了組織中細(xì)胞位置信息的丟失，使得我們在檢測基因表達(dá)的同時獲得基因在組織內(nèi)部的空間位置信息。正是由于空間轉(zhuǎn)錄組可以從多維度解析生物學(xué)過程的特點，近年來關(guān)于空間轉(zhuǎn)錄組無論是在技術(shù)開發(fā)，還是大規(guī)模應(yīng)用或商業(yè)化，都得到蓬勃發(fā)展。例如2019年4月，Science發(fā)文通過空間轉(zhuǎn)錄組揭示ALS（肌萎縮側(cè)索硬化癥，又稱漸凍癥）分子病理的時空動態(tài)；2019年8月，Nature在線發(fā)表了景乃禾團(tuán)隊解析小鼠早期胚胎細(xì)胞的時空表達(dá)數(shù)據(jù)；2020年9月，Cell上發(fā)表了一篇利用空間轉(zhuǎn)錄組解析人鱗狀細(xì)胞*的文章；2021年1月，Science發(fā)表了將組織擴(kuò)展和原位RNA測序結(jié)合起來的新型空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)ExSeq；2021年4月，10x Genomics公司宣布了新一代FFPE空間轉(zhuǎn)錄組商業(yè)化解決方案?？臻g轉(zhuǎn)錄組使得我們在檢測基因表達(dá)的同時獲得基因在組織內(nèi)部的空間位置信息。四川歐易生物空間轉(zhuǎn)錄組領(lǐng)域

了解R語言基礎(chǔ)語法及數(shù)據(jù)類型，了解空間轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析整體流程。黑龍江歐易生物空間轉(zhuǎn)錄組做什么

1. 空間轉(zhuǎn)錄組實驗步驟A。切片制備和優(yōu)化：取新鮮組織、冷凍、切片，并進(jìn)行HE染色成像，優(yōu)化確定切片是否覆蓋靶向區(qū)域。空間轉(zhuǎn)錄組實驗步驟B。切片固定和透化：將組織切片放置在含有與RNA結(jié)合捕獲探針的載玻片上，并進(jìn)行固定和透化，使細(xì)胞中的 mRNA 得到釋放，并結(jié)合到相應(yīng)的捕獲探針上，從而獲取基因表達(dá)信息。空間轉(zhuǎn)錄組實驗步驟c。逆轉(zhuǎn)和文庫構(gòu)建：以捕獲的 RNA 為模板，進(jìn)行 cDNA 合成，和測序文庫制備。空間轉(zhuǎn)錄組實驗步驟d。高通量上機測序：對制備好的測序文庫，進(jìn)行二代高通量短讀長測序?？臻g轉(zhuǎn)錄組實驗步驟e。數(shù)據(jù)可視化分析：結(jié)合HE結(jié)果，確定哪些基因有表達(dá)，表達(dá)量高低，以及這些基因的空間位置信息。黑龍江歐易生物空間轉(zhuǎn)錄組做什么

上海歐易生物醫(yī)學(xué)科技有限公司主營品牌有歐易生物，發(fā)展規(guī)模團(tuán)隊不斷壯大，該公司服務(wù)型的公司。歐易生物是一家私營合伙企業(yè)企業(yè)，一直“以人為本，服務(wù)于社會”的經(jīng)營理念;“誠守信譽，持續(xù)發(fā)展”的質(zhì)量方針。公司擁有專業(yè)的技術(shù)團(tuán)隊，具有科研服務(wù)，科研檢測，學(xué)術(shù)研究，技術(shù)咨詢等多項業(yè)務(wù)。歐易生物將以真誠的服務(wù)、創(chuàng)新的理念、高品質(zhì)的產(chǎn)品，為彼此贏得全新的未來！