空間基因表達技術(shù)能夠在保留空間背景信息的同時，多角度測量轉(zhuǎn)錄組譜。然而，現(xiàn)有的分析方法并沒有解決技術(shù)分辨率有限或有效利用空間信息的問題。來自美國的科研團隊開發(fā)了BayesSpace，這是一種完全貝葉斯統(tǒng)計方法，它使用來自空間鄰域的信息來增強空間轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)的分辨率并進行聚類分析。基準(zhǔn)測試證明BayesSpace在識別具有相似表達譜的空間簇和提高空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)分辨率方面的效用，其既克服了有效利用空間信息進行表達數(shù)據(jù)聚類的挑戰(zhàn)，又克服了目前空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)分辨率有限的問題。10x Genomics空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)可以應(yīng)用于免疫、發(fā)育、神經(jīng)和病理等研究方向。北京歐易生物空間轉(zhuǎn)錄組多少錢

1. 10x  Genomics空間轉(zhuǎn)錄組用于文庫構(gòu)建的每張載玻片上有四個捕獲區(qū)域，每個捕獲區(qū)域的大小為6.5x6.5mm，包含5000個被條形碼標(biāo)記的點（barcoded spots），每個點的直徑為55 μm，點和點之間中心的距離為100 μm，并且每個點都有一個barcode序列。10X Visium空間轉(zhuǎn)錄組的實驗主要分為兩部分：組織學(xué)板塊和組學(xué)板塊。組織學(xué)板塊包括樣品的包埋、切片、固定、染色及成像，記錄切片的形態(tài)學(xué)信息；組學(xué)板塊包括cDNA的合成、擴增、接頭連接和測序，記錄切片的轉(zhuǎn)錄本信息和空間位置信息 。天津運用空間轉(zhuǎn)錄組空間轉(zhuǎn)錄組使得在mRNA樣品處理和后續(xù)測序過程中位置信息的編碼和獲取成為可能。

空間轉(zhuǎn)錄組的應(yīng)用有哪些？一、發(fā)現(xiàn)疾病的空間異質(zhì)性：同時了解患病組織中的細(xì)胞類型及其定位有助于解決空間分辨的轉(zhuǎn)錄組學(xué)問題。在不同的環(huán)境下，明智地選擇這些方法在生物學(xué)研究中也是至關(guān)重要的，例如在神經(jīng)科學(xué)中，基于FISH的方法很普遍；基于LCM的方法適用于小樣本（例如臨床樣本）以及整個轉(zhuǎn)錄組或基因組分析。二、構(gòu)建空間轉(zhuǎn)錄組圖譜：借助于空間分辨的單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組學(xué)，建立圖譜可能是在分子水平上研究生物體結(jié)構(gòu)的重要步驟。目前的多項研究通過單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組技術(shù)結(jié)合空間轉(zhuǎn)錄技術(shù)，得到多個***的時空轉(zhuǎn)錄組圖譜（相關(guān)研究后續(xù)會在如下專輯更新）。

1. 空間轉(zhuǎn)錄組實驗步驟A。切片制備和優(yōu)化：取新鮮組織、冷凍、切片，并進行HE染色成像，優(yōu)化確定切片是否覆蓋靶向區(qū)域。空間轉(zhuǎn)錄組實驗步驟B。切片固定和透化：將組織切片放置在含有與RNA結(jié)合捕獲探針的載玻片上，并進行固定和透化，使細(xì)胞中的 mRNA 得到釋放，并結(jié)合到相應(yīng)的捕獲探針上，從而獲取基因表達信息?？臻g轉(zhuǎn)錄組實驗步驟c。逆轉(zhuǎn)和文庫構(gòu)建：以捕獲的 RNA 為模板，進行 cDNA 合成，和測序文庫制備?？臻g轉(zhuǎn)錄組實驗步驟d。高通量上機測序：對制備好的測序文庫，進行二代高通量短讀長測序?？臻g轉(zhuǎn)錄組實驗步驟e。數(shù)據(jù)可視化分析：結(jié)合HE結(jié)果，確定哪些基因有表達，表達量高低，以及這些基因的空間位置信息。只聽名字就想嘗試，不清楚空間轉(zhuǎn)錄組的原理及通過該技術(shù)究竟能拿到什么結(jié)果。

空間轉(zhuǎn)錄組是在組織原位檢測基因表達的一種技術(shù)，與bulk RNA-seq或單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測序相比，空間轉(zhuǎn)錄組避免了組織中細(xì)胞位置信息的丟失，使得我們在檢測基因表達的同時獲得基因在組織內(nèi)部的空間位置信息。已發(fā)表的關(guān)于空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)有Slide-seq , LCM-seq , seqFISH, MERFISH , Liver single cell zonation , Geo-seq and Tomo-seq。這些方法或是在細(xì)胞數(shù)量上限制較大，或是存在有效測序深度不足等問題。正是由于空間轉(zhuǎn)錄組可以從多維度解析生物學(xué)過程的特點，近年來關(guān)于空間轉(zhuǎn)錄組無論是在技術(shù)開發(fā)，還是大規(guī)模應(yīng)用或商業(yè)化，都得到蓬勃發(fā)展。

了解空間轉(zhuǎn)錄組樣本準(zhǔn)備注意事項。北京歐易生物空間轉(zhuǎn)錄組多少錢

空間轉(zhuǎn)錄組相關(guān)的顯微解剖技術(shù)通常分為兩類：機械和光學(xué)。北京歐易生物空間轉(zhuǎn)錄組多少錢

基于原位測序的空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)。基于原位測序（ISS）的方法通過測序產(chǎn)生空間轉(zhuǎn)錄組信息，這種方法只依靠連接酶連接兩段DNA—一段已知序列的引物和一個探針與模板匹配，不匹配的探針就會被洗掉。2013年開發(fā)的ISS中，每個探針使用一個查詢堿基來測序基因條形碼。FISSEQ和后來的EXeq使用了SOLiD，每個探針使用兩個查詢堿基來測序環(huán)化和RCA擴增的cDNAs。在STARmap中，基因條形碼由SEDAL測序，其中還使用了兩個類似固體的查詢堿基來避免錯誤。BARseq還用基因條形碼放大了RCA探針?；贗SS技術(shù)的優(yōu)勢包括：單細(xì)胞分辨率、亞細(xì)胞轉(zhuǎn)錄物定位和可應(yīng)用于更大的組織區(qū)域。缺點是：檢測效率較低。北京歐易生物空間轉(zhuǎn)錄組多少錢

上海歐易生物醫(yī)學(xué)科技有限公司擁有檢驗檢測服務(wù)。（依法須經(jīng)批準(zhǔn)的項目，經(jīng)相關(guān)部門批準(zhǔn)后方可開展經(jīng)營活動，具體經(jīng)營項目以相關(guān)部門批準(zhǔn)文件或許可證件為準(zhǔn)）一般項目：生物醫(yī)藥產(chǎn)品、生化產(chǎn)品的研發(fā)，醫(yī)藥中間體、化工原料及產(chǎn)品（除危險品化學(xué)品、監(jiān)控化學(xué)品、易制毒化學(xué)品）的研發(fā)、銷售，儀器儀表的銷售，并提供相關(guān)技術(shù)咨詢、技術(shù)服務(wù)，會務(wù)服務(wù)，企業(yè)管理咨詢。等多項業(yè)務(wù)，主營業(yè)務(wù)涵蓋科研服務(wù)，科研檢測，學(xué)術(shù)研究，技術(shù)咨詢。目前我公司在職員工以90后為主，是一個有活力有能力有創(chuàng)新精神的團隊。上海歐易生物醫(yī)學(xué)科技有限公司主營業(yè)務(wù)涵蓋科研服務(wù)，科研檢測，學(xué)術(shù)研究，技術(shù)咨詢，堅持“質(zhì)量保證、良好服務(wù)、顧客滿意”的質(zhì)量方針，贏得廣大客戶的支持和信賴。公司深耕科研服務(wù)，科研檢測，學(xué)術(shù)研究，技術(shù)咨詢，正積蓄著更大的能量，向更廣闊的空間、更寬泛的領(lǐng)域拓展。