10x Genomics空間轉(zhuǎn)錄組的實(shí)現(xiàn)原理是什么？10x Genomics空間轉(zhuǎn)錄組用于文庫(kù)構(gòu)建的每張載玻片上有四個(gè)捕獲區(qū)域，每個(gè)捕獲區(qū)域的大小為6.5x6.5mm，包含5000個(gè)被條形碼標(biāo)記的點(diǎn)（barcoded spots），每個(gè)點(diǎn)的直徑為55 μm，點(diǎn)和點(diǎn)之間中心的距離為100 μm，并且每個(gè)點(diǎn)都有一個(gè)barcode序列。組織切片的細(xì)胞中會(huì)釋放出mRNA，遷移到每個(gè)spot的mRNA會(huì)被標(biāo)記上相應(yīng)的barcode序列，然后進(jìn)行文庫(kù)構(gòu)建并進(jìn)行測(cè)序。根據(jù)數(shù)據(jù)的條形碼信息對(duì)數(shù)據(jù)進(jìn)行分析，以確定哪些數(shù)據(jù)來(lái)自哪個(gè)位置，從而實(shí)現(xiàn)空間基因表達(dá)的可視化。 空間轉(zhuǎn)錄組的條形碼逆轉(zhuǎn)錄oligo(dT)引物在顯微鏡載玻片表面的有序附著。上海實(shí)力空間轉(zhuǎn)錄組

10x  Genomics空間轉(zhuǎn)錄組用于文庫(kù)構(gòu)建的每張載玻片上有四個(gè)捕獲區(qū)域，每個(gè)捕獲區(qū)域的大小為6.5x6.5mm，包含5000個(gè)被條形碼標(biāo)記的點(diǎn)（barcoded spots），每個(gè)點(diǎn)的直徑為55 μm，點(diǎn)和點(diǎn)之間中心的距離為100 μm，并且每個(gè)點(diǎn)都有一個(gè)barcode序列。組織切片的細(xì)胞中會(huì)釋放出mRNA，遷移到每個(gè)spot的mRNA會(huì)被標(biāo)記上相應(yīng)的barcode序列，然后進(jìn)行文庫(kù)構(gòu)建并進(jìn)行測(cè)序。根據(jù)數(shù)據(jù)的條形碼信息對(duì)數(shù)據(jù)進(jìn)行分析，以確定哪些數(shù)據(jù)來(lái)自哪個(gè)位置，從而實(shí)現(xiàn)空間基因表達(dá)的可視化。歐易生物具有上百例空間轉(zhuǎn)錄組項(xiàng)目執(zhí)行經(jīng)驗(yàn)，致力通過(guò)高效的服務(wù)，助力各位科研工作者取得新的突破。山東歐易生物空間轉(zhuǎn)錄組多少錢空間轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析軟件開(kāi)發(fā)語(yǔ)言統(tǒng)計(jì)情況。

歐易生物高級(jí)技術(shù)支持陳老師首先給大家介紹了空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)的發(fā)展歷程、測(cè)序流程及原理。緊接著，歐易生物技術(shù)支持姚老師針對(duì)目前空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)發(fā)表的一系列高分文章進(jìn)行了方案設(shè)計(jì)的解析。姜老師給大家詳細(xì)介紹了空間轉(zhuǎn)錄組項(xiàng)目樣本準(zhǔn)備、切片、貼片等實(shí)驗(yàn)過(guò)程及注意事項(xiàng)，并帶領(lǐng)大家到實(shí)驗(yàn)室實(shí)地觀摩了整個(gè)實(shí)驗(yàn)過(guò)程，并就其中細(xì)節(jié)進(jìn)行了講解。董老師針對(duì)空間轉(zhuǎn)錄組10x Space Ranger的分析原理及結(jié)果進(jìn)行了詳細(xì)解析，并介紹了使用Seurat包進(jìn)行數(shù)據(jù)挖掘的標(biāo)準(zhǔn)分析流程。

BayesSpace是一種基于空間轉(zhuǎn)錄組模型的聚類方法，通過(guò)對(duì)基因表達(dá)矩陣的低維表示進(jìn)行建模并通過(guò)空間先驗(yàn)鼓勵(lì)相鄰點(diǎn)屬于同一簇來(lái)實(shí)現(xiàn)空間聚類。與以前的方法相比，BayesSpace允許對(duì)聚類結(jié)構(gòu)和錯(cuò)誤項(xiàng)進(jìn)行更靈活的規(guī)范。BayeSpace通過(guò)***使用的Bioconductor SingleCellExperiment數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)將預(yù)處理數(shù)據(jù)作為輸入，無(wú)縫集成到空間轉(zhuǎn)錄組分析工作流中，輸出同樣存儲(chǔ)在SingleCellExperiment對(duì)象中，該對(duì)象可用于下游分析。BayesSpace增強(qiáng)的空間聚類提供了一個(gè)更高分辨率的組織類型圖。值得注意的是，增強(qiáng)后的空間聚類識(shí)別了沿**邊界的淋巴組織區(qū)域和可能的免疫浸潤(rùn)到**中的區(qū)域，這些區(qū)域在原來(lái)的分辨率下是無(wú)法辨別的。結(jié)合空間轉(zhuǎn)錄組測(cè)序技術(shù)，作者進(jìn)一步確定和豐富了胚胎心臟基因表達(dá)的空間注釋信息。

10x Genomics 公司提供的 Visium 空間基因表達(dá)解決方案是目前***一個(gè)高通量空間轉(zhuǎn)錄組的商業(yè)化解決方案。該解決方案巧妙的將單細(xì)胞測(cè)序技術(shù)原理和組織切片染色結(jié)合在一起，從而研究空間分辨率下整個(gè)轉(zhuǎn)錄組 mRNA 的表達(dá)情況，同時(shí)在同一組織切片中獲得組織學(xué)相關(guān)信息?？臻g轉(zhuǎn)錄組相關(guān)的顯微解剖技術(shù)通常分為兩類：機(jī)械和光學(xué)。前者包括 Tomo-seq 等，通過(guò)沿感興趣軸，利用冷凍切片機(jī)進(jìn)行組織切片，然后在每個(gè)切片上均進(jìn)行 RNA 測(cè)序。10x 提供的載玻片分為兩種：用于摸索組織比較好透化時(shí)間的組織優(yōu)化玻片和用于正式實(shí)驗(yàn)的基因表達(dá)玻片?？臻g轉(zhuǎn)錄組避免了組織中細(xì)胞位置信息的丟失。北京歐易生物空間轉(zhuǎn)錄組做什么

除了皮膚、胰腺和骨頭組織外，其余樣本類型均可開(kāi)展10x Genomics空間轉(zhuǎn)錄組研究。上海實(shí)力空間轉(zhuǎn)錄組

第二，數(shù)據(jù)庫(kù)的建立。盡管當(dāng)前空間轉(zhuǎn)錄組的數(shù)據(jù)在快速地增長(zhǎng)，但尚未有對(duì)應(yīng)的數(shù)據(jù)庫(kù)來(lái)對(duì)這些數(shù)據(jù)進(jìn)行匯總集成。第三，研究物種及組織的多樣化。在當(dāng)前時(shí)代，除 LCM 之外，研究的***主要集中于人類和小鼠的大腦，而其他***（例如肝臟）的空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究相對(duì)滯后。對(duì)除人類和小鼠以外的其他生物以及除大腦以外的其他***的技術(shù)現(xiàn)代化，將為開(kāi)發(fā)有用的空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)地圖集提供廣闊的前景。第四，集成度高、交互性強(qiáng)、易擴(kuò)展、文檔信息完善的開(kāi)源工作流程的開(kāi)發(fā)。該類工具的開(kāi)發(fā)將簡(jiǎn)化不同類型空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)數(shù)據(jù)的整合和分析。上海實(shí)力空間轉(zhuǎn)錄組

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