總體來說，我國(guó)農(nóng)業(yè)微生物種質(zhì)資源的保護(hù)與利用面臨嚴(yán)峻挑戰(zhàn)。一是保護(hù)與利用體系有待完善。在《意見》發(fā)布之前，我國(guó)農(nóng)業(yè)微生物種質(zhì)資源工作缺乏總體布局和統(tǒng)一部署，資源調(diào)查工作不系統(tǒng)，重復(fù)投資、低水平開發(fā)現(xiàn)象嚴(yán)重。二是精細(xì)鑒定與系統(tǒng)評(píng)價(jià)有待提升。微生物種類繁多、代謝多樣，大量具有科學(xué)價(jià)值和應(yīng)用前景的農(nóng)業(yè)微生物種質(zhì)資源“深藏庫(kù)中無人識(shí)”，限制了將種質(zhì)資源轉(zhuǎn)化為支撐種業(yè)發(fā)展、補(bǔ)齊資源保護(hù)與利用短板、解決種源“卡脖子”問題的中軸競(jìng)爭(zhēng)力。三是國(guó)家農(nóng)業(yè)微生物種質(zhì)資源庫(kù)建設(shè)有待加強(qiáng)。農(nóng)業(yè)微生物種質(zhì)資源需要專業(yè)的保藏技術(shù)、多樣的保藏方式和特殊的保藏設(shè)施。通過走訪調(diào)研發(fā)現(xiàn)，全國(guó)各保藏單位普遍存在經(jīng)費(fèi)不足、設(shè)備簡(jiǎn)陋、手段單一、共享不利等現(xiàn)象，資源面臨污染、退化、甚至滅失的風(fēng)險(xiǎn)，急需在硬件設(shè)施、專業(yè)隊(duì)伍、信息整合等方面加大投入。我國(guó)農(nóng)業(yè)微生物種質(zhì)資源保護(hù)與利用工作任重而道遠(yuǎn)。