industryTemplate云生物提供甲基化服務(wù)。陜西RRBSDNA甲基化經(jīng)驗(yàn)豐富
羥甲基化DNA免疫沉淀測序（HydroxymethylatedDNAImmunoprecipitationSequencing，hMeDIP-Seq）是通過5hmC特異性抗體富集羥甲基化的DN**段，然后結(jié)合高通量測序技術(shù)在全基因組水平上以較小的數(shù)據(jù)量，快速、高效地尋找羥甲基化區(qū)域?？蓮V泛應(yīng)用于羥甲基化與疾病關(guān)系研究以及羥甲基化在胚胎發(fā)育過程中的研究。樣本要求：基因組DNA:>=3ug；樣品濃度>50ng/ul；無RNA和蛋白污染建庫測序：測序策略：IlluminaHiSeq,PE150;測序深度：20-30Mreads。信息分析：基于全基因組范圍的羥甲基化分析，數(shù)據(jù)質(zhì)控，Peak鋒Calling，Peak鋒在基因組、染色體、功能元件上的分布，多樣本羥甲基化差異聚類，差異羥甲基化DMR鑒定及相關(guān)基因的功能分析，結(jié)合項(xiàng)目背景和科學(xué)問題的數(shù)據(jù)亮點(diǎn)挖掘。上海oxBSDNA甲基化專業(yè)服務(wù)WGBS技術(shù)及應(yīng)用是有力方案。
安捷倫公司芯片平臺(tái)因其強(qiáng)大的eArray探針設(shè)計(jì)平臺(tái)，可以進(jìn)行芯片的定制。在甲基化領(lǐng)域同樣適用。合作伙伴利用Agilent芯片平臺(tái)設(shè)計(jì)了一款專門針對(duì)**啟動(dòng)子區(qū)域CpG島的甲基化芯片。絕大多數(shù)基因是針對(duì)基因的啟動(dòng)子區(qū)域的CpG島設(shè)計(jì)探針。這款芯片上一共有4160個(gè)功能注釋比較明確的基因，其中2128個(gè)和**發(fā)生有關(guān)系。從功能上分，有256基因和細(xì)胞凋亡有關(guān)，1273個(gè)基因和信號(hào)傳導(dǎo)有關(guān)，487個(gè)基因和壓力和衰老有關(guān)。采用的是8*60K的芯片格式。利用MeDIP原理進(jìn)行甲基化檢測的方法探針的分辨率可以精確到100 bp。
強(qiáng)化RRBS——高性價(jià)比DNA甲基化檢測方案。單堿基分辨率，全基因組范圍，富集啟動(dòng)子/CpG島甲基化調(diào)控區(qū)域，適合人和哺乳動(dòng)物、動(dòng)物及魚類，適合細(xì)胞、全血及新鮮冷凍組織，不適合cfDNA及FFPE等片段化樣本。項(xiàng)目介紹：簡化基因組甲基化測序(ReducedRepresentationBisulfiteSequencing,RRBS)是通過限制性酶切的方法富集基因組DNA上富含CCGG位點(diǎn)的片段，經(jīng)Bisulfite處理和高通量測序技術(shù)進(jìn)行基因組CpG富集區(qū)域內(nèi)的單堿基分辨率的甲基化測序。相對(duì)WGBS而言RRBS技術(shù)作為高性價(jià)比的甲基化測序方案，測序量大幅減少，在大規(guī)模臨床樣本研究中具有很不錯(cuò)的應(yīng)用價(jià)值。高通量BSP測序結(jié)果多種展示形式。
芯片種類：Agilent**甲基化芯片，8x60K●和合作伙伴在Agilent公司定制的Promoter芯片?！窠^大多數(shù)基因是針對(duì)基因啟動(dòng)子區(qū)域的CpG島設(shè)計(jì)探針?！裥酒弦还灿?160個(gè)功能注釋比較明確的基因，其中2128個(gè)和**發(fā)生有關(guān)系?！駨墓δ苌戏?，有256基因和細(xì)胞凋亡有關(guān)，1273個(gè)基因和信號(hào)傳導(dǎo)有關(guān)，487個(gè)基因和壓力和衰老有關(guān)。●特別適用于**甲基化研究。案例分析：用Agilent定制甲基化芯片和表達(dá)譜芯片共同篩選乳腺*患者的高甲基化基因，并探討甲基化與基因表達(dá)的關(guān)系為了尋找乳腺*早期診斷的甲基化標(biāo)記基因，探討基因甲基化水平與基因表達(dá)量之間的關(guān)系，科研者使用甲基化芯片和表達(dá)譜芯片進(jìn)行了相關(guān)研究。研究中，甲基化程度檢測使用BSP法和COBRA分析，基因表達(dá)水平檢測用RT-PCR。結(jié)果，在乳腺*患者中檢測到70對(duì)高度甲基化差異***的基因，表達(dá)譜芯片分析結(jié)果顯示在乳腺*患者中這70個(gè)基因大部分不表達(dá)；RT-PCR結(jié)果也顯示大部分基因表達(dá)量很低甚至不表達(dá)。這種研究策略，能夠直觀方便的篩查患者甲基化基因，有效地尋找乳腺*標(biāo)記基因，對(duì)研究甲基化基因調(diào)控基因表達(dá)提供研究基礎(chǔ)。cfDNA，cell free DNA，就是血液中游離的自身DNA。安徽TAB-SeqDNA甲基化怎么樣
全基因組甲基化分析及特異位點(diǎn)甲基化檢測。陜西RRBSDNA甲基化經(jīng)驗(yàn)豐富
雖然焦磷酸測序可以進(jìn)行單個(gè)位點(diǎn)甲基化程度的精確定量，但是目前來看，測序的片段長度還比較短，只有一百多bp，其中有效長度約為60bp。以上是對(duì)幾種常用的特異位點(diǎn)甲基化檢測方法進(jìn)行了介紹及比較，還有一些檢測技術(shù)是在常用的檢測手段上進(jìn)行優(yōu)化或者將不同的方法進(jìn)行結(jié)合應(yīng)用，比如以MSP方法為基礎(chǔ)，發(fā)展了SMART-MSP技術(shù)，該技術(shù)利用定量技術(shù)對(duì)MSP擴(kuò)增過程進(jìn)行檢測，同時(shí)后續(xù)結(jié)合HRM技術(shù)來分析甲基化差異。此外，利用質(zhì)譜平臺(tái)進(jìn)行甲基化檢測的有MALDI-TOF技術(shù)，可以對(duì)甲基化進(jìn)行精確檢測并能進(jìn)行高通量篩選。從對(duì)這些技術(shù)的比較分析來看，沒中檢測技術(shù)都有各自的優(yōu)點(diǎn)，并也存在一定的局限性，研究者可以根據(jù)自己的實(shí)際研究情況進(jìn)行選擇。在特異甲基化位點(diǎn)檢測上，能夠提供BSP、HRM及焦磷酸測序三種技術(shù)的完整的檢測服務(wù)，具有豐富的經(jīng)驗(yàn)，幫助客戶加速甲基化研究進(jìn)程。陜西RRBSDNA甲基化經(jīng)驗(yàn)豐富