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南京二代測序運用

來源: 發(fā)布時間:2025-01-18

宏基因組二代測序,你了解多少?宏基因組二代測序(mNGS)是一項覆蓋病原譜廣且高通量的檢測技術(shù),已在臨床領(lǐng)域得到了廣泛的應(yīng)用。對于血液病患者,病原mNGS通過對樣本快速高通量測序,可以獲得更準(zhǔn)確、相對無偏倚的病原信息,對病原診斷起到積極的作用,尤其對傳統(tǒng)微生物學(xué)檢測未覆蓋到或檢測周期較長、陽性率較低的病原可提高檢出率。對于臨床相關(guān)樣本應(yīng)首先完善傳統(tǒng)微生物學(xué)檢測,病理、無菌標(biāo)本培養(yǎng)仍然是診斷的金標(biāo)準(zhǔn),病原mNGS是對傳統(tǒng)微生物學(xué)檢測的有力補(bǔ)充和延展而非替代。病原mNGS的報告解讀應(yīng)充分評估檢出微生物的致病性、流行病學(xué)、生物信息學(xué)信息,同時在結(jié)合患者臨床特征的基礎(chǔ)上進(jìn)行綜合判斷?;诙鷾y序的罕見疾病診斷將迅速過渡到臨床服務(wù),其他醫(yī)學(xué)領(lǐng)域的寶貴案例研究。南京二代測序運用

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二代測序與代謝組整合面臨的挑戰(zhàn)

數(shù)據(jù)整合難度大:二代測序產(chǎn)生的轉(zhuǎn)錄組等數(shù)據(jù)和代謝組數(shù)據(jù)有著不同的數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)、量級以及分析方法。將海量的轉(zhuǎn)錄組序列信息與復(fù)雜的代謝物定性定量數(shù)據(jù)整合在一起進(jìn)行綜合分析,需要開發(fā)高效且合適的生物信息學(xué)算法和軟件平臺,目前這方面的工具仍有待進(jìn)一步完善。

多因素關(guān)聯(lián)性復(fù)雜:基因與代謝物之間并非簡單的一對一對應(yīng)關(guān)系,往往是多個基因通過復(fù)雜的調(diào)控網(wǎng)絡(luò)共同影響多種代謝物的合成、轉(zhuǎn)化和降解,而且還存在代謝物之間相互作用以及代謝對基因的反饋調(diào)節(jié)等情況,準(zhǔn)確剖析這種多因素復(fù)雜的關(guān)聯(lián)性面臨諸多困難。 陜西哪里有二代測序提供單細(xì)胞測序?qū)儆诙鷾y序嗎?

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常見的二代測序類型①

全基因組測序(WGS):對生物體整個基因組進(jìn)行測序,涵蓋所有基因、非編碼區(qū)域、調(diào)控區(qū)域等。能***檢測基因組變異,但數(shù)據(jù)量和成本較高,適用于復(fù)雜疾病研究、物種進(jìn)化分析等.

全外顯子組測序(WES):針對基因組中全部外顯子區(qū)域測序,可快速鑒定基因突變,性價比高,常用于遺傳病診斷、**基因突變檢測等,助力發(fā)現(xiàn)致病基因和潛在***靶點.

轉(zhuǎn)錄組測序(RNA-Seq):對特定細(xì)胞或組織在特定狀態(tài)下的 RNA 轉(zhuǎn)錄情況測序,包括 mRNA、lncRNA、miRNA 等,可檢測基因表達(dá)水平、剪接變異、可變剪接等信息,用于基因表達(dá)調(diào)控研究、疾病標(biāo)志物篩選、藥物研發(fā)等.

二代測序用于蛋白組測序的發(fā)展前景?

多組學(xué)整合更緊密:未來二代測序與蛋白組測序會和其他組學(xué)技術(shù)(如代謝組學(xué)、表觀基因組學(xué)等)進(jìn)一步深度整合,從多個層面***地解析生命活動分子機(jī)制,例如在疾病研究中,綜合分析基因轉(zhuǎn)錄、蛋白質(zhì)表達(dá)及代謝產(chǎn)物變化等,為疾病的早期診斷、精細(xì)***提供更完善的依據(jù)。

技術(shù)優(yōu)化提升準(zhǔn)確性:一方面,二代測序技術(shù)自身會不斷改進(jìn),提高測序的準(zhǔn)確性、降低錯誤率,并且在通量上可能進(jìn)一步提升;另一方面,和蛋白組測序銜接的相關(guān)流程和分析方法也會不斷優(yōu)化,從而更精細(xì)地從轉(zhuǎn)錄組信息轉(zhuǎn)化為可靠的蛋白組信息,推動蛋白組測序領(lǐng)域的發(fā)展。 RNA測序也是二代測序。

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二代測序—全外顯子測序的原理是什么?全外顯子測序主要是利用序列捕獲技術(shù),將基因組DNA中的外顯子區(qū)域富集起來,然后通過高通量測序技術(shù)(如第二代測序技術(shù)Illumina測序平臺)對富集后的外顯子DN**段進(jìn)行測序。其大致步驟包括DNA提取、片段化、文庫構(gòu)建、外顯子捕獲、測序和數(shù)據(jù)分析等。例如,在文庫構(gòu)建過程中,將提取的基因組DN**段化后,在片段兩端連接上特定的接頭序列,這些接頭序列可以用于后續(xù)的擴(kuò)增和測序反應(yīng)。然后通過與外顯子區(qū)域互補(bǔ)的寡核苷酸探針,將外顯子片段從全基因組DNA文庫中“捕獲”出來,經(jīng)過清洗去除未結(jié)合的DN**段后,對捕獲的外顯子文庫進(jìn)行大規(guī)模的平行測序。二代測序與Sanger測序相同嗎?浙江哪里有二代測序提供

二代測序結(jié)果怎么分析?南京二代測序運用

二代測序——WES測序

WES測序即全外顯子組測序,是一種基于二代測序技術(shù)(NGS)的基因檢測方法。以下是其具體介紹:

技術(shù)流程

樣本準(zhǔn)備:通常從組織或血液樣本中提取DNA,如EDTA-K2抗凝的外周靜脈血。

DNA打斷:使用超聲波或酶等方法將DNA片段化,以便后續(xù)操作。

末端修復(fù):對DNA片段的末端進(jìn)行修復(fù),使其能夠順利進(jìn)行后續(xù)的測序反應(yīng)。

文庫制備:將DNA片段與測序接頭連接,構(gòu)建用于高通量測序的文庫。

測序:一般使用Illumina測序平臺對文庫進(jìn)行高通量測序,可獲得大量的DNA序列信息。

數(shù)據(jù)分析:對測序得到的數(shù)據(jù)進(jìn)行生物信息學(xué)分析,包括序列比對、變異鑒定等。

變異解釋:識別外顯子中的變異,如單核苷酸變異、插入或缺失等,并確定這些變異是否與遺傳病有關(guān)。 南京二代測序運用

標(biāo)簽: 二代測序
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